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担任军区理工大学校长的邀请，却是拒绝了。只是接受了物理系主任以及第一研究院物理所所长的任命。对于军区理工大学校长，他则力荐与他一起来的吴有训教授担任。
他与吴有训教授现在已经可以说是百分之百的留在根据地，但其他那些教授却是谁也不能就说保证留在根据地。很多的教授是来这里为自己学生的未来寻找一个机会，或是因为其他的原因而来东北进行考察。
还有的人之所以不远万里来到东北，除了以上的原因之外，最重要的一个原因是，抗联有治疗他们夫人肺结核的特效药，这些人来到这里不仅仅可以继续做教书育人的工作，还可以治疗自己夫人的肺病。
像那位被称之为梁上君子，林下美人的中国建筑界的大师夫妇，就是因为妻子的肺病来东北的。还有西南联大的周培源教授、吴大猷教授，万里迢迢来到东北除了来考察之外，就是为了妻子的病。
当然叶企孙先生也清楚，来到东北的这些教授之中有为数不少的人，就是冲着东北给出的以美金或是现大洋形式支付的两倍于关内薪水来得。时局艰难，在大后方食不果腹、衣不遮体，物价狂涨之下难以为继的生活，让这些曾经以高新闻名的大学教授、讲师早就风采不在。
甚至孩子多的人家，连饭都吃了上顿没有下顿。能当的东西，几乎典当一空。来东北又不是去当汉奸，也是为抗日效力。既然抗联能给出高薪来，也是国家、民族效力，便有什么不能来的？总不能看着孩子营养不良，家人度日日益艰难。
对于抱着这些想法来的人，只要他们不去沦陷区当汉奸，不接受汪伪政权几十倍大后方薪水的邀请，叶企孙教授也不能说什么。环境如此恶劣，无论是做学问还是做研究，总得先吃饱饭吧。
而且在参观了这里已经建设好的教学和研究环境之后，叶企孙教授知道这些都是专家级的教授，留在这里会有更大的发展，也能为国家做更大的贡献。但是关内的那些学生怎么办？总不能只留下文学院、法学院或是医学院，让所有的学生都转为文科或是学医吧。
而从此次来东北的专家、教授、学生之艰难来看，这位叶企孙教授也清楚，让西南联大或是其他某一个大学整体搬迁到东北，就算抗联能想办将他们从大后方安全的运输到东北，但也只能是一个天大的笑话。
一个国家的教授和学生，从这个国家的这个地方迁移到那个地方，却是还要偷偷摸摸，绕路新疆、香港、缅甸、新加坡和苏俄。而且一路上还要隐藏行踪，甚至是鬼鬼祟祟的，扮成商人、流亡者、汽车司机等各种千奇百怪的面孔，以躲避路上无数的检查站。在世界上所有的国家之中，恐怕只有中国才会发生这种稀奇古怪的事情。
那些因为夫人身体的原因，无法经历如此的折腾，自身又作为重点人物被国民政府严密监控的教授之所以能出来，当初还多亏西南联大的校长梅贻琦找到重庆军委会的那位委员长特批的，直接从重庆上的抗联飞机。